10x-Genomics單細胞轉錄組測序-標題圖-1030x486單細胞轉錄組測序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq)是在單個細胞水平對 mRNA 進行高通量測序的一項新技術,其原理是將多細胞生物分離的單個細胞中微量的轉錄組 mRNA 通過高效擴增后再進行高通量測序。單細胞轉錄組測序能夠有效解決組織樣本無法破解的細胞異質性難題以及常規RNA-seq被掩蓋的細胞群內的轉錄組異質性難題,有助于發現新的稀有細胞類型,并深入了解發育過程中的表達調控機制。
基于10x Genomics最新Chromium系統利用油包水的微反應體系,通過序列標簽區別群體中的不同細胞和轉錄本,獲得單細胞水平的數字化基因表達譜,可實現數千甚至數萬個單細胞群體分析,解決常規scRNA-seq方法在通量或擴展性方面存在的不足,為單細胞研究開拓新的思路。

小標題-產品優勢-中
真正的單細胞測序:通過油滴-barcode-單細胞的對應關系,實現真正意義上的單細胞測序;
項目周期短:一天內即完成從細胞懸液到cDNA文庫構建所有的測序準備工作;
細胞捕獲效率高:單個細胞捕獲效率高達65%,可準確鑒別稀有細胞類型;
測序平臺兼容度廣:與Illumina各種型號的平臺高度兼容;
性價比高:相較于其他單細胞平臺,操作簡單,價格優惠;
超高通量:單個樣本細胞檢測數范圍1000-10000。

小標題-技術路線-中
5-2 單細胞轉錄組測序(10x Genomics)-信息分析-附圖1-小
10x Genomics scRNA-seq分析流程

小標題-案例分析-中
單細胞轉錄組測序研究肝癌微環境中的免疫圖譜

來自中國北京大學、生物動態光學成像中心和首都醫科大學附屬北京世紀壇醫院的研究人員在國際上首次進行了大規模針對腫瘤相關T細胞的單細胞組學研究,該研究積累了非常有價值的數據資源,為多角度理解肝癌相關的T細胞特征奠定基礎,也為今后其他腫瘤開展類似研究提供指導。
研究人員在單細胞水平對肝癌腫瘤微環境中T淋巴細胞的轉錄組及T細胞受體(TCR)序列進行了綜合分析,對超過5000個T細胞進行了單細胞轉錄組測序,并對全部數據進行了生物信息學分析。通過對T細胞進行亞群分類、發展軌跡分析及比較不同亞群種子哪個T細胞克隆的分布,探索了不同亞群之間的關系,鑒定每個亞群特異的基因表達,揭示了腫瘤中的T細胞在功能、分布和發展狀態方面和其他部位的T細胞截然不同。
腫瘤在免疫系統中出現逃逸的主要原因包括殺傷性CD8 T細胞的功能紊亂及抑制性T細胞的大量存在,針對這兩類細胞尋找靶點是免疫療法的主要方向。該研究著重探索了腫瘤中這兩類細胞的特異表達基因,發現基因Layilin在這兩群細胞中均特異性表達,并通過體外實驗證明該基因對于CD8 T細胞的殺傷功能有抑制調節作用,可能作為一個免疫療法的新靶點。
同時,基于TCR數據分析,該研究發現肝癌內存在大量腫瘤組織特異的克隆增生的T細胞,但是這些細胞大多處于耗竭狀態,從而揭示了腫瘤細胞逃逸免疫監視的原因。此外,該研究還描繪了初始T細胞向耗竭狀態的發展軌跡,并在耗竭性CD8 T細胞亞群中發現了一類FOXP3+抑制性T細胞的存在,提出了耗竭T細胞會進一步發展成抑制性T細胞的潛在發展方向。

2017-Cell-北大

腫瘤浸潤免疫細胞單細胞測序研究

Zheng C, Zheng L, Zhang Z, et al., Landscape of infiltrating T cells in liver cancer revealed by single-cell sequencing. Cell.2017 Jun 15; 169(7): 1342-1356