3-1 全基因組de novo測序-標題圖
基因組de novo測序即從頭測序,指不需要任何參考基因序列信息即可對某個物種進行測序。PacBio第三代單分子實時測序(SMRT)技術,基于長讀長、無GC偏向和無PCR擴增等優勢,有效解決了傳統二代測序技術的組裝難題,大幅度提升了基因組組裝的各項指標。

小標題-產品優勢-中
能夠跨越GC含量異常和高重復序列,實現reads覆蓋的完整性和均一性;
大幅度提升Contig N50、Scaffold N50指標,填補復雜區域缺口;
實現更精準的基因組組裝,為近緣物種的基因組差異分析提供了更好的解決方案。

小標題-技術路線-中
3-1 全基因組de novo測序-信息分析-小

PacBio+Illumina+BioNano聯合組裝基因組信息分析流程圖

小標題-樣品要求-中

圖標-NGS紫-樣品-小
gDNA
450bp文庫:總量≥2μg,濃度≥20 ng/μl
2、5kb文庫:總量≥5μg,濃度≥30 ng/μl
20kb文庫:總量≥30ng,濃度≥100 ng/μl

圖標-NGS紫-文庫-小
450bp文庫
2、5kb文庫
20kb文庫

圖標-NGS紫-測序-小
簡單基因組:
純三代:PacBio 20kb文庫≥70X
二+三:Illumina PE250 450bp文庫≥50X
Illumina PE150 2、5kb文庫≥10X
PacBio 20kb文庫≥40X
復雜基因組:
純三代:PacBio 20kb文庫≥100X
二+三:Illumina PE250 450bp文庫≥50X
Illumina PE150 2、5、8kb文庫≥30X
PacBio 20kb文庫≥50X

小標題-案例分析-中
PacBio完成耐旱植物復活草基因組測序

復活草極其耐旱,它具有通過脫水變成完全干燥、同時保持在有水時再復活的能力。研究人員采用三代測序(PacBio RS Ⅱ平臺,P6-C4試劑盒,15-20Kb文庫,32個SMRT cells,72X測序深度)測序數據為基礎,二測測序(Illumina HiSeq平臺,570bp、1Kb、3Kb文庫,200X測序深度)評估三代組裝子的錯誤率以及基因組的雜合度,并結合BioNano構建基因組圖譜,對contigs進行anchoring和scaffolding的策略。研究人員組裝獲得了接近完成級的序列圖譜,包括gene space都無gap,在基因組草圖中很難獲得的端粒、著絲粒、轉座子元件級rRNA cluster都無gap。研究獲得的復活草這一高度耐旱物種的基因組草圖,可有效推動作物改良,為植物比較基因組學研究團隊提供有價值的資源。
3-1 全基因組de novo測序-案例分析-附圖1-小

PacBio跨越復活草復雜區域

3-1 全基因組de novo測序-案例分析-附圖2-小

組裝完成的復活草基因組結構

VanBuren R, Bryant D, Micheal TP, Mockler TC. Singe-molecule sequencing of the desiccation-tolerant grass Oropetium thomaeum. Nature. 2015 Nov 11. doi: 10.1038/nature15714.